本校始於一九四五年九月，名為聖保羅男女學校附屬幼稚園；一九四九年九月易名為聖保羅私立幼稚園，一九五三年九月才易名為聖公會幼稚園（校址位於香港中環己連拿利）。
一九七五年九月於香港畢拉山金文泰道聖腓力小學校舍開辦分校，名為聖公會幼稚園（畢拉山）。
二零一二年九月，兩校遷出原址往香港銅鑼灣東院道七號聖光堂為臨時校舍，以「承先啟後，以小為尊」的發展目標，展開循序漸進和分階段性合併。至二零一四年九月，兩校正式合併成一所學校，名為聖公會幼稚園，繼續發揮「非以役人，乃役於人」的基督精神，為幼兒提供優質的全人教育，讓幼兒在基督的愛中學習和成長。